Quero fazer NGS! E agora?

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Quero fazer NGS (Next Generation Sequencing) ! E agora?

 

Qual sequenciador usar, que kit comprar, que tipo de biblioteca montar, quantas corridas de sequenciamento? 

 

Essa é uma foto histórica de 1989 de uma das primeiras reuniões do que viria a se tornar o Projeto Genoma Humano (PGH), finalizado em 2003. Hoje você não precisa de 14 anos para finalizar um genoma (ufa!) mas um bom planejamento experimental ainda é uma parte importante de qualquer projeto.

 

O delineamento experimental de um projeto de NGS é uma etapa essencial, tanto para a economia de recursos, quanto para o sucesso do estudo. A primeira etapa é familiarizar-se com os termos que farão parte deste delineamento: tamanho de genoma, tipo de corrida (paired-end, single-end), rendimento (throughput), quantidade e tamanho de reads e profundidade (depth). Depois, pesquisar artigos científicos relacionados ao organismo de seu interesse ou de um grupo próximo a fim de estimar o tamanho do genoma ou da quantidade de reads para cobrir com representatividade todo o transcriptoma.

Com todas essas infos em mãos, é hora de pensar em quantas amostras e qual sequenciador utilizar! 

Mas atenção: você poder ser surpreendido por um genoma de tamanho bem diferente em organismos proximamente relacionados – fazer um sequenciamento exploratório (projeto-piloto) pode vir a calhar, se os recursos permitirem! Há vários sequenciadores e configurações de corrida que permitem sequenciar com um throughput baixo ou intermediário para fazer esta análise.

Leituras recomendadas: 

 

Designing Your Next Generation Sequencing Run

Recommended Coverage and Read Depth for NGS Applications

Read length recommendations: How to calculate the right read length for your sequencing run

Technical Note da Illumina, que ensina o passo-a-passo para calcular cobertura

Última atualização: Nov. 4, 2020, 3:41 p.m.

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