Pequeno Tutorial do Genome Browser

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Pequeno tutorial para explorar informações genômicas

 

Já ouviu falar do Genome Browser? O UCSC Genome Browser é uma ferramenta de visualização de dados genômicos desenvolvida pela Universidade da California em Santa Cruz logo após o primeiro rascunho do genoma humano. Era (e ainda é) um desafio para nós seres humanos visualizar e interpretar sequências ou dados muito grandes e complexos, mas o Genome Browser ajuda muito, com dados disponíveis de vários organismos! 

 

Passo a passo do tutorial:

 

Acesse https://genome.ucsc.edu/ e clique em “Genomes”. Você poderá selecionar o organismo e também a versão do seu genoma.

 

1. Faça sua busca usando coordenadas específicas ou pelo nome de algum gene, por exemplo o gene ACE2 (receptor do SARS-CoV-2). Cada bloco de informação é chamada de track e você poderá movê-los clicando no bloco cinza.

 

2. Clique no menu superior em “Genome Browser” e depois em “Configure”. Você poderá customizar cada track separadamente.

 

3. Altere o tamanho da figura, o espaço para a legenda e o tamanho da fonte. Tente remover as linhas verticais, seu gráfico vai ficar muito mais clean. Na parte inferior é possível alterar cada classe de track… escolha as mais interessantes para você.

 

4. Controle a quantidade e a complexidade de informação de cada track - faça alguns testes!

 

5. Pronto, agora você criou uma visualização customizada e pode exportar em PDF ou PS para seu programa de edição favorito e customizar sua figura para deixar tudo cada vez mais claro para seu leitor.

 

Em cerca de 30 minutos é possível gerar um gráfico bem informativo como esse!

 

O gene ACE2 está no cromossomo X humano, possui vários éxons e tem uma região intermediária alvo de modificações epigenéticas. Além disso os exons são bem conservados. O Genome Browser também possui implementações de alguns bancos de dados de expressão gênica… o gene ACE2 é expresso em vários tecidos humanos, como o rim e o coração!

 

Para saber mais:

https://genome.ucsc.edu/training/

https://www.nature.com/scitable/ebooks/guide-to-the-ucsc-genome-browser-16569863/

https://www.youtube.com/channel/UCQnUJepyNOw0p8s2otX4RYQ

 

#genomebrowser #covid19 #ucsc #sequencing #edutaugc

Última atualização: Nov. 4, 2020, 3:51 p.m.

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