Metagenômica

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Você sabe o que é metagenômica?

A enorme diversidade de micro-organismos qa Terra

 

Há uma imensa variedade de bactérias, vírus e fungos no ambiente - e só uma parte deles é patogênica ao homem. Vários desses micro-organismos também podem ser benéficos e estudá-los pode ser a solução para uma agricultura mais eficiente e sustentável, para a produção de biocombustíveis mais eficientes, fármacos, biorremediação e saúde intestinal - só para citar alguns exemplos!

 

Mas identificá-los não é uma tarefa muito fácil. Estima-se que apenas cerca de 2% das bactérias podem ser isoladas e cultivadas em laboratório. E ainda assim, o isolamento e o cultivo é um processo muitas vezes de tentativa e erro, podendo consumir muito tempo e recursos além de tirar o contexto de comunidade microbiana.

 

Tudo isso foi revolucionado pela metagenômica. A idéia por trás da metagenômica é muito simples: extrair o DNA total de uma amostra ambiental e sequenciá-la. Isso só foi possível graças aos avanços das tecnologias de sequenciamento de nova geração e de bioinformática, que evoluíram muito nos últimos anos. Há duas formas principais de se fazer metagenômica: a metagenômica 16S (amplicons) e a metagenômica shotgun.

 

A metagenômica 16S é baseada na amplificação de uma pequena parte do gene 16S do RNA ribossomal bacteriano. Essa pequena parte, chamada de região hipervariável, permite identificar as bactérias como uma impressão digital. Já a metagenômica shotgun é tecnicamente mais simples ainda - mas não se engane, é muito mais complexa em termos de análise. O DNA extraído é fragmentado e sequenciado e o grande desafio é remontar genes e até genomas evitando a formação de quimeras.

 

Quer saber mais?

https://www.arb-silva.de/ - base de dados de 16S

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1821060/ - o primeiro artigo de metagenômica shotgun usando NGS (Craig Venter)

https://www.nature.com/articles/nbt.3935 - Shotgun metagenomics, from sampling to analysis

Última atualização: Nov. 4, 2020, 11:01 p.m.

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