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Dicas para facilitar seu trabalho com bioinformática

 

Você sabia que algumas práticas no trabalho com bioinformática podem fazer toda diferença e facilitar sua vida e de seus colaboradores?

 

- A primeira delas é sobre a nomeação de arquivos e diretórios. Importante sempre ter em mente que espaço em branco também é um caracter. Além disso, caracteres especiais também podem dificultar o trabalho, uma vez que podem ter outro significado na linha de comando, como por exemplo o ‘*’, que em expressão regular significa ‘qualquer coisa’. Por isso, procure sempre que possível padronizar a nomeação, utilizando entre as palavras o ‘_’. 

 

- Outra dica é sobre o armazenamento de arquivos repetidos, isso pode não ter impacto quando se tem arquivos pequenos, mas quando estamos lidando com arquivos de sequenciamento ou alinhamento (Fasqs/Bam) por exemplo, isso irá comprometer seu storage. Por isso, a melhor opção é sempre ter uma cópia no seu computador local e ter um backup, que pode ser em nuvem ou em um HD externo.

 

- E finalmente, vamos falar sobre a programação de códigos. Quem nunca fez um código para resolver um problema ou automatizar um processo no laboratório, e passado um tempo não se lembrava onde foi parar aquele código. Para solucionar esse entre tantos outros problemas no desenvolvimento de programas de bioinformática, uma boa prática é utilizar um repositório único de códigos (público ou privado), como o GitLab, GitHub, Bitbucket, etc.

 

Isso facilitará seu trabalho quando tiver que resolver problemas similares, sem ter que codificar nada do zero e ainda deixa disponível para outras pessoas terem acesso. Além disso, a ferramenta ‘Git’ permite o controle de versão dos códigos, facilitando o acompanhamento na evolução dos programas e o desenvolvimento dos mesmos em colaboração. Além de tudo, é a maneira mais utilizada para a disponibilização dos códigos para a comunidade.     

 

E você, tem alguma dica legal para facilitar o trabalho em bioinformática? Comente aqui!

 

#bioinformatics #tips #programming  #edutaugc

 

**Para saber mais:**

Nomeando arquivos e diretórios:

- https://libguides.princeton.edu/c.php?g=102546&p=930626

- https://datamanagement.hms.harvard.edu/file-naming-conventions

Storage e Backup

Repositório e versionamento de código:

- https://homes.cs.washington.edu/~mernst/advice/version-control.html

- https://git-scm.com/

- https://github.com/ 

- https://gitlab.com/ 

- https://bitbucket.org/

 

Última atualização: Nov. 4, 2020, 4:46 p.m.

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