Dez dicas para biólogos aprenderem a programar

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Confira dicas valiosas de como iniciar na programação 

 

Autora | Vanessa Leiko* 

 

Após a publicação do Genoma Humano, no início dos anos 2000, a união entre computação e biologia nunca mais se desfez, e arrisco dizer que essa união nunca irá se desfazer. 

 

Durante a graduação, nunca aprendi uma linguagem de programação. Posso contar nos dedos as vezes que minha turma entrou no laboratório de informática (que foi na disciplina de bioestatística em que rodamos alguns softwares de testes estatísticos). 

 

Hoje felizmente existem muitos biólogos que sabem programar e muitos outros estão entrando nesse mundo. Particularmente, a bioinformática e a biologia computacional são áreas que me encantam, pois elas conseguem unir uma ciência tão poderosa, que é a computação, com a ciência que estuda a vida, que é a biologia. 

 

Em 2018, Maureen Carey e Jason Papin publicaram na PLOS Computational Biology o artigo “Ten simple rules for biologists learning to program” (10 regras simples para biólogos aprenderem a programar) e resolvi destacar alguns pontos que considerei relevantes:

 

1 – Comece com o objetivo em mente

Tenha em mente a finalidade de você aprender programação: “Quero me tornar um programador ou programadora?”, “Quero construir ferramentas de bioinformática?”, “Quero apenas saber analisar meus dados?”.

 

Para tentar encontrar seu perfil como bioinformata, deixo a dica de leitura do artigo Bioinformatics Curriculum Guidelines: Toward a Definition of Core Competencies, em que os autores descrevem, de maneira geral, três perfis de profissionais de bioinformática: o usuário de bioinformática, a cientista de bioinformática e o engenheiro de bioinformática.

 

 

2 Baby steps are steps

Ou como dizemos “de grão em grão a galinha enche o papo”. Foque em um problema por vez e tente quebrar seu problema em problemas menores. Por exemplo, ao analisar um conjunto de dados “ômicos” (genoma, transcriptoma, proteoma), comece aos poucos: leia os dados, decida como interpretar valores faltantes, normalize os dados se necessário.

 

Erros irão acontecer, e está tudo bem! O que importa é você ser capaz de encontrá-los, corrigi-los e aprender com eles.  

 

3 – Imersão é a melhor maneira

Enquanto você está aprendendo, se um problema pode ser resolvido usando apenas uma linguagem de programação, faça isso. Por exemplo, quando importamos uma planilha de dados, teremos que lidar com alguns obstáculos, como células em branco ou valores “NA”, números que estão entre aspas etc. Pode ser tentador abrirmos o Excel e corrigir esses problemas à mão.

 

Assim como quando aprendemos um novo idioma, a imersão é a melhor maneira de aprender. Futuramente, você terá tarefas que não serão adequadas à linguagem de programação que você aprendeu. A partir desse ponto, pode ser útil começar a aprender uma outra linguagem.

 

 

4 – Ligue para um amigo ou amiga

Busque por comunidades de programação que tenham diversidade de pessoas, variando desde iniciantes até especialistas. Busque por comunidades locais, na sua universidade ou no seu trabalho, ou comunidades virtuais.

 

Há várias fontes de ajuda online, como tutoriais, documentação, fóruns de dúvidas, mas nada se compara a ajuda de um amigo, uma amiga ou um colega.   

 

5 – Aprenda a fazer perguntas

Para saber o que perguntar, você precisa primeiro entender o problema. Crie o hábito de ler as mensagens de erro e aprender com elas. Identifique os principais componentes das suas mensagens de erro, como qual é o erro e onde ele está. Esse processo é chamado de debugging.

 

Uma vez entendido o problema, procure por respostas. Se não achar a resposta no Google, busque ajuda nas comunidades. Ao criar um tópico, inclua a mensagem de erro e informações suficientes sobre o problema (pacotes, versões, dados, código etc.).

 

Resuma o que foi feito, o que era pretendido, quais soluções foram tentadas. Termine com um agradecimento e espere por ajuda.

 

6 – Não reinvente a roda

Use de todos os recursos disponíveis, como tutoriais, documentação, códigos publicados, seu próprio código. Copia-e-cola é bem-vindo (forneça os créditos ou as referências, se necessário).

 

Documente seu código para poder usá-lo futuramente, pois isso ajudará a lembrar a intenção de cada linha de código.            

 

7 – Desenvolva boas práticas desde cedo

Ciência da computação é ciência, então use boas práticas. Isso inclui manter um caderno de anotações, documentar seu código, controle de versões. Esses hábitos tornarão seu trabalho mais eficiente, aumentando sua reprodutibilidade.

 

Para mais dicas, você pode dar uma olhada no artigo “Ten Simple Rules for a Computational Biologist's Laboratory Notebook”.  

 

 

8 – A prática leva à perfeição

Procure por conjunto de dados online e pratique com eles. Você pode gerar seu próprio conjunto de dados para praticar. Algo pequeno, simples, mas que seja semelhante à estrutura de dados que você deseja trabalhar futuramente.

 

Isso irá te preparar para escalar para conjuntos de dados maiores e imprevisíveis.

 

9 – Ensine a si mesmo

Aprender leva tempo e você não está sozinho quando se trata de frustrações. Seja paciente. Estipule prazos e avaliações para estimular seu aprendizado, da mesma forma que você faria se estivesse ensinando alguém.

 

Cursos introdutórios são úteis para aprender o básico, pois o básico é muitas vezes negligenciado quando estudamos por conta própria.

 

10 – Just do it

Comece a escrever seu código!

 

Nenhum recurso é desperdiçado, nem dinheiro, nem tempo (o trabalho do aluno e da aluna é aprender!). Embora a programação possa ser intimidante, a etapa mais desafiadora é começar.

 

 

Saiba mais:

A Cartoon Guide to Bioinformatics by a Novice Coder

Bioinformatics Curriculum Guidelines: Toward a Definition of Core Competencies

Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook

Ten Simple Rules for Biologists Learning to Program

*Sobre a autora: Vanessa Leiko é bióloga, mestre em Genética, e atualmente está estudando Ciência de Dados e se especializando em Bioinformática. 

Última atualização: June 17, 2021, 2:20 p.m.

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