Anotação de genes e genomas

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Anotação de genes e genomas: quantos genes tem o SARS-CoV-2? O que cada um deles faz?

 

Vocês já se perguntaram quantos genes tem o SARS-CoV-2? E o que cada um deles faz?

 

Essa é uma dúvida comum após o sequenciamento de um genoma, e ao processo de identificação desses genes e suas respectivas funcionalidades chamamos de “Anotação.”

 

1. Após sequenciar o genoma do vírus ou de qualquer outro organismo, o que fazer com um amontoado de “As”, “Cs”, “Ts” e “Gs”?  Afinal, a programação da vida está nos genes!

 

2. Para localizar uma região do genoma que pode conter um gene podemos buscar pelas ORFs (Open Reading Frames), e para isso podemos usar a ferramenta ORFfinder.

 

3. Encontradas as ORFs, como podemos fazer para atribuir uma função a cada um desses genes? Apesar de não existir uma fórmula mágica para predizer exatamente a função de cada gene, sendo que muitos deles ainda permanecem desconhecidos - de forma simplificada - podemos comparar as sequências dos nossos genes com a de genes que já tenham sido foco de outros trabalhos científicos. Afinal, os laços evolutivos se estendem por toda a árvore da vida!

 

4. A ferramenta mais usada para a comparação de sequências é o BLAST e o banco de dados que engloba o maior e mais diverso número de sequências disponíveis publicamente é o “NT” do GenBank.

 

Finalmente, respondendo à pergunta inicial: O SARS-CoV-2 possui 11 genes anotados, mas com diferentes níveis de resolução de suas funções. As ORFs 1a e 1ab, que curiosamente são sobrepostas, já são bastante estudadas e tem bastante da sua biologia conhecida.

 

A ORF 10, no entanto, ainda é um tanto misteriosa e num trabalho super recente de re-anotação foram preditos alguns aspectos do possível funcionamento da proteína produzida a partir desse gene.

 

Para saber mais:

BLAST

GenBank

ORF10 do SARS coronavirus TW-YM1

Trabalho recente de anotação do SARS-CoV-2

Para saber mais sobre anotação

 

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Última atualização: Nov. 4, 2020, 3:58 p.m.

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