AlphaFold DB: banco de dados de estruturas proteicas

Conheça o AlphaFold DB, o database da DeepMind com mais de 350 mil estruturas proteícas com predição do AlphaFold

Autor | César Henrique Yokomizo

Em dezembro de 2020, a DeepMind anunciou a melhor versão do programa AlphaFold, que alcançou uma acurácia altíssima na predição de estruturas proteicas.  

O programa utiliza inteligência artificial e obtêm a predição da estrutura proteica a partir de sua sequência primária, superando um grande desafio da biologia moderna, que perdurava por mais de 50 anos. 

Proteínas são essenciais à manutenção e ao surgimento da vida no planeta,  portanto entender suas estruturas contribui na compreensão dos seus mecanismos de funcionamento. 

Devido à grande acurácia na predição, o AlphaFold se tornou um benchmark quando o assunto é predição de estrutura, dada a sua elevada precisão. 

A metodologia por trás do AlphaFold, bem como o código do programa, foram publicados esse mês na revista Nature, e estão disponíveis em formato open- source software.    

Mas o grupo da DeepMind foi além do AlphaFold…os pesquisadores, em parceria com o EMBL-EBI, criaram o AlphaFold DB - AlphaFold Protein Structure Database. 

O banco de dados possui predições para mais de 350.000 estruturas proteicas, que pode ser acessado livremente para consulta das estruturas. 

O usuário utilizará a ferramenta de busca disponibilizada no site, digitando o nome da proteína, do gene, do organismo ou o número de acesso do UniProt - accession UniProt.

Por exemplo, se o usuário digitar o nome da bactéria Escherichia coli, o AlphaFold DB retorna todas as proteínas preditas relativas a esse microrganismo.

Nos resultados da busca, em cada um encontra-se um cabeçalho informativo sobre a proteína, contendo nome, função biológica entre outras informações. Além disso, o database disponibiliza a sequência primária da proteína e a predição da estrutura, bem como um alinhamento do erro previsto.

O AlphaFold DB já está sendo utilizado por diversos grupos de pesquisa, um deles é o Drugs for Neglected Diseases Initiative - DNDi - que atua investigando doenças negligenciadas em países pobres.

O Centre for Enzyme Innovation - CEI - também está utilizando o AlphaFold na engenharia de enzimas utilizadas na reciclagem de plásticos!!      

A contribuição dos dados armazenados no AlphaFold DB é imensurável e sem precedentes, além disso, novas estruturas obtidas com o AlphaFold estão sendo depositadas constantemente no database. O AlphaFold DB tem tudo pra se tornar a maior referência quando o assunto for a predição de estruturas de proteínas. 

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Saiba mais: 

AlphaFold Protein Structure Database

DeepMind and EMBL release the most complete database of predicted 3D structures of human proteins

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